铁路
南京是华东地区重要的铁路枢纽。京沪、宁铜铁路在这里交汇，有南京、南京西、南京南3个客运站。从南京始发的列车大部分由南京站开出。所有途径南京的列车全部停靠南京站。南京南站(中华门站)有始发芜湖、铜陵的短途旅客列车，宁铜线上的普快列车也多停靠该站。京沪铁路沪宁段已实现公交化，从南京到上海仅需3小时，随到随走。
水运
南京是中国黄金水道枣万里长江航线上的最大的内河港口，万吨级轮船可终年通航。每天都有长江客轮往返于重庆、汉口、南京和上海之间。南京港客运站位于下关江边路北首，毗邻铁路南京西站，公交游4路、10路、302路直达。
公路
南京是华东地区最大的公路交通枢纽之一，以南京为 中心，有沪宁(上海--南京)、宁连(南京-连云港)、宁通(南京--南通)、宁合(南京--合肥)、宁马(南京-马鞍山)、宁淳(南京-高淳)等6条高速公路呈放射状通往本省及周边的上海、安徽、浙江等省市。
全市有9个长途汽车客运站。其中，南京(中央门)长途汽车站是全省发车规模、客流量最大的客运站，宁沪快客多由此站发出，从7：00-19：00，每20-30分钟就有一班车发往宁沪沿线五市(镇江、常州、无锡、苏州、上海)，车型以沃尔沃、依维柯为主。
公交车：南京市内交通便利，现有市区公共电、汽车线路近百条，均为无人售票，普通车单一票价1元，空调车单一票价2元。此外，还有“3”字开头的中巴线路8条(人工售票)，“8”字开头的夜宵线路(无人售票)18条。
出租车：主要车型为捷达，桑塔纳，富康，起价7元/3公里。超过3公里，每公里单价2.4元，南京出租车的等候时间不计费，纯粹按照里程数来计算。
